מדרשת עין פרת מובילה בתחום החינוך הבלתי פורמלי ובפיתוח מנהיגות דרך כלים חינוכיים. במהלך השנים, נצברו תובנות מקצועיות רבות מתוך העשייה החינוכית שהובילו מחנכים ומורים. בית הספר לחינוך יוצר מחקר ופיתוח חדשני על מנת להוות מרכז השראה ולמידה, שתוצריו יהיו זמינים למדרשות למנהיגות ולמוסדות בארץ ובעולם.